Если наборы - это все,что есть, то, конечно, не стоит ребенка ограничивать и держать по коробкам. Но у нас был еще огромный ящик просто разрозненных деталей - достался по наследству. Поэтому им было и его полностью достаточно без перемешивания наборов. А моделями из наборов они любили именно играть во всякие игры.
Если уже все в одной коробке, то уже поздно сортировать, не выйдет :) У меня малые раньше сами разбирали модельки и складывали. А те детали, которые отдельные, были рассортированы примерно таким образом: отдельно колеса и то, на что они надеваются, отдельно человечки и аксессуары к ним, отдельно детали "военного" цвета, отдельно очень крупные детали и отдельно совсем микроскопические. При таком раскладе было вполне приемлемо. Пару лет порядок сохранялся. А сейчас... ой )))